FernGully, la dernière forêt tropicale de notre planète bleue, est un monde mystérieux plein de merveilles et d'aventures, où les êtres humains n'existent que dans les contes de fées. C'est là que vivent la fée enchanteresse Christa, l'elfe intelligent Pips, la roussette folle Batty Koda et les sauvages Beetle Boys. Ils aiment tous leur monde isolé et vivent simplement et joyeusement au jour le jour. Un jour, l'inconcevable se produit : des personnes avides de profit découvrent ce paradis idyllique.